ＪＲ山科駅（やましなえき）歴史
山科駅（やましなえき）は東海道本線と湖西線が乗り入れており、東海道本線を所属線としている。湖西線は路線としては当駅が終点であるが、運転系統上は全列車が東海道本線経由で京都駅あるいはそれ以西へ乗り入れている
1879年（明治12年）8月18日：初代駅が開業
現在の山科駅から京都市外環状線を南へ約3kmにある、名神高速道路の立体交差部分の北側の側道を西へすぐの所にあった。のちに旧線敷地が名神高速に転用され、起工式が行われたため、両方の記念碑が設置されている。
1921年（大正10年）8月1日：鉄道省東海道本線馬場駅（→膳所駅）- 京都駅間ルート変更により、大津駅（3代目）- 京都駅間に2代目駅（現駅）が開業（一般駅）。旧駅は旧線と合わせ廃止。
昭和初期に京阪電気鉄道が東海道本線の廃線跡を利用して新京阪線（現・阪急京都線）の西向日町駅（現・西向日駅）から支線を大津方向へ延長する計画がされ、初代山科駅付近に「勧修寺駅」の設置が予定されていた。
そして京阪宇治線からも六地蔵駅から奈良街道沿いに新線の建設が計画され、両方の新線が接続する地点に『山科駅』が造られる予定だった。その場所は現在京阪バス山科営業所となっていて、宇治線への接続ルートは新奈良街道になっている
1971年（昭和46年）10月1日：貨物取り扱いを廃止
1974年（昭和49年）7月20日：湖西線の当駅 – 近江塩津駅間が開業
1986年（昭和61年）11月1日：ダイヤ改正に伴い新快速の停車駅となる
1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により西日本旅客鉄道（JR西日本）の駅となる
1988年（昭和63年）3月13日：路線愛称の制定により東海道本線で「琵琶湖線」の愛称を使用開始
1998年（平成10年）3月22日：自動改札機を設置し、供用開始
2002年（平成14年）7月29日：JR京都・神戸線運行管理システム導入
2002年（平成14年）7月30日：駅ビル「JR山科駅NKビル」が開業
2003年（平成15年）11月1日：ICカード「ICOCA」の利用が可能となる
2005年（平成17年）3月1日：バリアフリー化工事が完成。エレベーター・エスカレーター・多目的トイレが供用開始。京都・大阪方面ホーム（下りホーム）の上屋を延長。また電光掲示板が導入され供用開始
2007年（平成19年）3月18日：駅自動放送を更新
2013年（平成25年）5月2日：異常時情報提供ディスプレイが供用開始
2015年（平成27年）3月12日：入線警告音の見直しに伴い、接近メロディ導入
2018年（平成30年）3月17日：駅ナンバリングが導入される
2018年（平成30年）4月14日：JR山科駅NKビルが改装され、商業施設「ビエラ山科」が開業
2021年（令和3年）8月1日：開業100周年を迎え、駅構内にポスターを掲示
2029年（令和11年）：特急はるかの発着駅を京都から山科に延伸し、それに伴いホーム・引上線を新設予定